1984年，遵奉至尊巴瓊仁波切的指示，同時仁波切自願的情況下，按照歷代噶舉祖師的規矩，進行三年三分的閉關，並將洞口與房門以泥密封，密續有云：「修持三年三分關，將得殊勝之成就。」上述所說內容具有外內密甚深的緣起要點，能清淨業風，增長本慧風；三年三分的說法，並非恣意捏造，有些人完全不懂，說成「三年三月三天」這類相似的話，實在是愚昧的妄言，因為所謂「三年」，其實真正是三年兩個月半。
仁波切晝夜六時為了要串習禪定之故，遵照上師仁波切不可以唸經的指示，雖然卡佐比丘特意請來經書，可是仁波切一個字也不看，按照閉關的方式仁波切寫字條回覆說：「我要看就看無常。」
有一次，出現腳部的疼痛，以致腳無法伸拉與彎曲，必須拖著步子煮茶上廁所，內心浮現經歷中陰與六道的境相，因為過於恐怖，仁波切心想：「該如何是好，是否該出關？」
這情況透過卡佐比丘傳到上師耳裡，上師說：「這一點也沒問題，就在那個情況下持續修持，不可以出關。」
又問：「可否請囊色醫生看看？」
上師說：「讓他進去關房吧。」
由此，仁波切的腳疼好了，他曾說：「這是由於緣起，本來這個業障病，只有業障清淨才會好，藥豈能清淨業障，因為專一地修持，所以氣自然地進入中脈。」
由於氣脈的緣起，才會出現各種境相，如煙、燈火等等之兆。仁波切描述，有天黎明，巴瓊仁波切金色身顯現在一燭火之中，後來身形漸漸遠去最終消失，但是燭火之相一直到天亮才消失。
初修定時，念頭如瀑布之水，後來漸次平息放鬆，如同大河般緩緩地流向自處，穩定配合三種精進、專一地修持，將會依次獲得十種道相與諸多功德。
一年半後的秋收時節，從竹達地方來的一個叫做桑顛群培（桑顛意思為禪定，群為法，培為增長之意）的人，將新鮮的蘿蔔與整串豆子，放在一個小容器裡交給我，請求我代為獻給仁波切，我於隔天送水的時候，一同將這些東西送過去，仁波切說：「今天的緣起非常好，是象徵禪定之法不斷增長終至頂尖的桑顛群培所獻，證果之後事業將如泉水不間斷的徵兆。」如此說著歡喜地收下了。
現在雪域修傳派中，一般人對於所謂的「三年三分」閉關，以為是從四加行開始的次第修習，大部分也這麼做所謂的「三年三分」閉關，然而在直貢噶舉派的傳規中，並不把大手印的次第修習稱為「三年三分」閉關，所謂的「三年三分」閉關，是指完全直修大手印的閉關，因此二者不可等同視之。佛教包含講授與修持，雖然必須先做佛法的講授聽聞，但若只有聽講，而無實修核心內容，那麼聞思也無存在之必要。正如《本生經》說：「既聞法已精勤修，縫中能脫生牢獄。」岡波巴大師說：「若奮力聞思修佛法，就是無誤要訣。」因此，將所聽聞的法落實在實踐上，是噶舉成就證士大海，源源不絕、遍滿雪域各地的原因，尤其至尊直貢巴吉天頌恭教授眾弟子顯密精華大手印五具之後，令住山林修持，使殊勝修持地遍及各處，而有「山林平原皆是直貢者」之語。尤其歷代法王皆專注於修持，被尊稱為「修傳頂莊嚴勝者直貢巴」更是實至名歸。
仁波切也遵循噶舉祖師的規矩，身閉關、語禁語、心專一入定，立下噶舉派修持的典範，不在文字上希求達到菩提，而是使解脫的事蹟不僅僅只是歷史，更能展現出至今仍不衰退的表徵，發揚了修傳派的特色。
仁波切此時屢屢親見法尊吉天頌恭，得到直貢噶舉派法教興盛與廣揚的發願。仁波切說：「我有發願的教旨。」往後此事常常對眾多弟子們提及。
其他修傳派的規矩，是眾多閉關者一同在關房內修持，然而直貢噶舉派是閉關者獨自一人在關房內修持，不可一同修持，彼時關房外，除了送水之人，他人不可靠近，綠草與植物長滿各地，看似關房無人一般，最終使心安住猶如大江入海，令離戲瑜伽現前。
觀修之首為敬信，由對於上師無造作的信心所促使；倚仗觀修之足為厭離，而能抵達本來勝地。
完成修持之後，來到札雷噶瓊拜見上師金剛持巴瓊仁波切，卡佐比丘稟告說：「貢覺諾布從阿企護法殿後面來了。」
上師說：「喔，給他呈碗酸奶。」
頂禮之後，以覺受證量之功德供養雲令上師極為歡喜，上師說：「你是硬漢。」並在脖子上賜予哈達。
當稟告升起如此這般覺受之相時，上師說：「會出現這樣，我瞭解，但是不要貪著這一切。」感到非常欣慰。
在修傳派的傳統中，長期近修時沒有剪髮的習慣，而是將頭髮束於頭頂，稱為「關髮」，至尊巴瓊仁波切要求當時已做完近修的閉關者都蓄髮。
仁波切說：「我曾破比丘戒，想重新受戒。」
上師說：「你就是嘿汝噶比丘。」何以如此？此於顯密中皆有開示，《地藏十輪經》說：「善男子，復次比丘有四，何四者？謂勝義比丘、世俗比丘、如蠢羊比丘、無慚愧比丘。何為勝義比丘？謂如是：佛、薄迦梵大菩薩比丘、大功德者、一切法自在者，或達佛果菩提、阿羅漢、不來果、一來果、等流果，總攝如是七類人為勝義比丘；在家男子不剃鬚髮，不著法衣，不受、不請、不求一切出家分別解脫戒，不做長淨布施，一切如理羯磨皆不趣入，然而若具足聖服並得聖果，亦攝為勝義比丘，此等名為勝義比丘。復次何為世俗比丘？謂剃鬚髮，著赤黃衣，出家，具出家分別解脫戒，是名為世俗比丘；復次何為蠢如羊比丘？不知已破未破根本罪，不知其輕重，造各種細微墮而不知懺悔發露，造罪猶傲慢，無視無懼細微罪，不親近博學智士，偶爾承侍多聞具智者，不為僕，不知恭敬求教，不問何為善，何為惡，雖無造罪，亦不求教何者應為，何者不應為，如是之人，皆攝為此，稱蠢如羊比丘；何為無慚愧比丘？謂有情為活命故住我教中出家，犯一切分別解脫戒，無慚無愧，無視無懼來世苦果，彼如裝滿腐糞之噶喇蟲，螺聲中具狗吠，常妄語無實語，吝嗇，嫉妒，愚痴，我慢盡執有，遠離三正等殊勝業，求利養，貪名聲，慕六塵，逸於貪著，貪著色、聲、香、味、觸，此等之人，攝為無慚無愧、壞正法者，稱無慚愧比丘。」
如是勝義與世俗比丘的分別，百成就者共祖薩惹哈說：「昨日以前非比丘，今日以往是比丘，嘿如噶尊大比丘，勝義比丘大比丘。」應當即是此中所說旨趣。
仁波切晝夜六時為了要串習禪定之故，遵照上師仁波切不可以唸經的指示，雖然卡佐比丘特意請來經書，可是仁波切一個字也不看，按照閉關的方式仁波切寫字條回覆說：「我要看就看無常。」
有一次，出現腳部的疼痛，以致腳無法伸拉與彎曲，必須拖著步子煮茶上廁所，內心浮現經歷中陰與六道的境相，因為過於恐怖，仁波切心想：「該如何是好，是否該出關？」
這情況透過卡佐比丘傳到上師耳裡，上師說：「這一點也沒問題，就在那個情況下持續修持，不可以出關。」
又問：「可否請囊色醫生看看？」
上師說：「讓他進去關房吧。」
由此，仁波切的腳疼好了，他曾說：「這是由於緣起，本來這個業障病，只有業障清淨才會好，藥豈能清淨業障，因為專一地修持，所以氣自然地進入中脈。」
由於氣脈的緣起，才會出現各種境相，如煙、燈火等等之兆。仁波切描述，有天黎明，巴瓊仁波切金色身顯現在一燭火之中，後來身形漸漸遠去最終消失，但是燭火之相一直到天亮才消失。
初修定時，念頭如瀑布之水，後來漸次平息放鬆，如同大河般緩緩地流向自處，穩定配合三種精進、專一地修持，將會依次獲得十種道相與諸多功德。
一年半後的秋收時節，從竹達地方來的一個叫做桑顛群培（桑顛意思為禪定，群為法，培為增長之意）的人，將新鮮的蘿蔔與整串豆子，放在一個小容器裡交給我，請求我代為獻給仁波切，我於隔天送水的時候，一同將這些東西送過去，仁波切說：「今天的緣起非常好，是象徵禪定之法不斷增長終至頂尖的桑顛群培所獻，證果之後事業將如泉水不間斷的徵兆。」如此說著歡喜地收下了。
現在雪域修傳派中，一般人對於所謂的「三年三分」閉關，以為是從四加行開始的次第修習，大部分也這麼做所謂的「三年三分」閉關，然而在直貢噶舉派的傳規中，並不把大手印的次第修習稱為「三年三分」閉關，所謂的「三年三分」閉關，是指完全直修大手印的閉關，因此二者不可等同視之。佛教包含講授與修持，雖然必須先做佛法的講授聽聞，但若只有聽講，而無實修核心內容，那麼聞思也無存在之必要。正如《本生經》說：「既聞法已精勤修，縫中能脫生牢獄。」岡波巴大師說：「若奮力聞思修佛法，就是無誤要訣。」因此，將所聽聞的法落實在實踐上，是噶舉成就證士大海，源源不絕、遍滿雪域各地的原因，尤其至尊直貢巴吉天頌恭教授眾弟子顯密精華大手印五具之後，令住山林修持，使殊勝修持地遍及各處，而有「山林平原皆是直貢者」之語。尤其歷代法王皆專注於修持，被尊稱為「修傳頂莊嚴勝者直貢巴」更是實至名歸。
仁波切也遵循噶舉祖師的規矩，身閉關、語禁語、心專一入定，立下噶舉派修持的典範，不在文字上希求達到菩提，而是使解脫的事蹟不僅僅只是歷史，更能展現出至今仍不衰退的表徵，發揚了修傳派的特色。
仁波切此時屢屢親見法尊吉天頌恭，得到直貢噶舉派法教興盛與廣揚的發願。仁波切說：「我有發願的教旨。」往後此事常常對眾多弟子們提及。
其他修傳派的規矩，是眾多閉關者一同在關房內修持，然而直貢噶舉派是閉關者獨自一人在關房內修持，不可一同修持，彼時關房外，除了送水之人，他人不可靠近，綠草與植物長滿各地，看似關房無人一般，最終使心安住猶如大江入海，令離戲瑜伽現前。
觀修之首為敬信，由對於上師無造作的信心所促使；倚仗觀修之足為厭離，而能抵達本來勝地。
完成修持之後，來到札雷噶瓊拜見上師金剛持巴瓊仁波切，卡佐比丘稟告說：「貢覺諾布從阿企護法殿後面來了。」
上師說：「喔，給他呈碗酸奶。」
頂禮之後，以覺受證量之功德供養雲令上師極為歡喜，上師說：「你是硬漢。」並在脖子上賜予哈達。
當稟告升起如此這般覺受之相時，上師說：「會出現這樣，我瞭解，但是不要貪著這一切。」感到非常欣慰。
在修傳派的傳統中，長期近修時沒有剪髮的習慣，而是將頭髮束於頭頂，稱為「關髮」，至尊巴瓊仁波切要求當時已做完近修的閉關者都蓄髮。
仁波切說：「我曾破比丘戒，想重新受戒。」
上師說：「你就是嘿汝噶比丘。」何以如此？此於顯密中皆有開示，《地藏十輪經》說：「善男子，復次比丘有四，何四者？謂勝義比丘、世俗比丘、如蠢羊比丘、無慚愧比丘。何為勝義比丘？謂如是：佛、薄迦梵大菩薩比丘、大功德者、一切法自在者，或達佛果菩提、阿羅漢、不來果、一來果、等流果，總攝如是七類人為勝義比丘；在家男子不剃鬚髮，不著法衣，不受、不請、不求一切出家分別解脫戒，不做長淨布施，一切如理羯磨皆不趣入，然而若具足聖服並得聖果，亦攝為勝義比丘，此等名為勝義比丘。復次何為世俗比丘？謂剃鬚髮，著赤黃衣，出家，具出家分別解脫戒，是名為世俗比丘；復次何為蠢如羊比丘？不知已破未破根本罪，不知其輕重，造各種細微墮而不知懺悔發露，造罪猶傲慢，無視無懼細微罪，不親近博學智士，偶爾承侍多聞具智者，不為僕，不知恭敬求教，不問何為善，何為惡，雖無造罪，亦不求教何者應為，何者不應為，如是之人，皆攝為此，稱蠢如羊比丘；何為無慚愧比丘？謂有情為活命故住我教中出家，犯一切分別解脫戒，無慚無愧，無視無懼來世苦果，彼如裝滿腐糞之噶喇蟲，螺聲中具狗吠，常妄語無實語，吝嗇，嫉妒，愚痴，我慢盡執有，遠離三正等殊勝業，求利養，貪名聲，慕六塵，逸於貪著，貪著色、聲、香、味、觸，此等之人，攝為無慚無愧、壞正法者，稱無慚愧比丘。」
如是勝義與世俗比丘的分別，百成就者共祖薩惹哈說：「昨日以前非比丘，今日以往是比丘，嘿如噶尊大比丘，勝義比丘大比丘。」應當即是此中所說旨趣。
