1-1 微生物與細菌
（一）細菌產生
嚴格說細菌（bacteria）是屬於微生物中最主要族群。分析原始古細菌（archaebacterium）最早可追溯自數億年前生化物質分子的複製能力，在複雜演變後就形成類似去氧核糖核噾酸（DNA）的化合物，再經轉化為氨基酸而形成蛋白質的基本原料，而蛋白質長期演化便形成具生命的原始細菌。五億年前，可以從高等生物最初所留下的化石遺跡，可以檢驗出存在傳染病菌的事實，細菌感染的痕跡從植物化石中看出，遠古動物化石水母及軟體也留有菌類的遺跡。因此，科學家相信推論細菌產生與生物是接近當時生命起源，當然也是微生物生命的起點。依據特性，細菌的產生、生長與繁殖因適應力強非常迅速。所以，科學家認知寒冷的冰川到極端酷熱的環境，甚而高山到海底，都可以發現細菌的存在。
（二）微生物（microorganisms）
細菌結構簡單生物是體積微小的微生物，也是人類肉眼根本無法直接目視的生物，而微生物結構形態、繁殖生長、遺傳變異及新陳代謝等均具有多樣性，因此種類繁多。細菌當然是微生物的主角，起初研究細菌必然要從微生物下手，1886年海克爾（Haeckel 1834-1919）最早稱為原生生物界，初期包括有藻類（algae）、原生動物（protozoa）、真菌（fungi）和細菌（bacteria），因為微生物的種類繁多與科學研究結果，今日微生物學再細分出許多學科，包括有細菌學（bacteriology）、黴菌學（mycology）、寄生蟲學（parasitology）、病毒學（virology）以及與微生物密切相關的免疫學（immunology）等。絕大多數微生物的特徵，對於人類和動植物的生存是相互共生的，因為許多微生物在自然界中必須的氮、碳、硫等都是生態環境循環構成生物條件，甚至對生物的繁殖及食物鏈的形成，微生物都發生了重要生成作用。
（三）自然發生說（spontaneous generation）
希臘哲學家亞里斯多德：「魚因淤泥及沙礫產生而成」，「破布生鼠、腐肉生蛆」；希臘哲學家德謨克利特：「萬物由原子和虛空形成的，產生各樣物體」。而中國著名的思想家荀子：「肉腐出蟲、魚枯生蠹」，「積水成淵，蛟龍生焉」。這種學說被歸納為「自然發生說」，或簡稱「自生說」。但是後來觀念被科學家打破，1668年義大利雷迪醫生對「自生說」說法產生懷疑，親自做一個實驗，看看腐肉到底是如何生出蛆蟲。1860年法國巴斯德提出生物只能由其親代或孢子產生，以及「一切生物是來自生物」的結論，這理論後來被稱為「生源說」。