日本厚生勞動省在2006年5月底開始實施Positive List制度。而所謂的Positive List制度則是從生鮮食品到加工食品，以所有的食品為對象，制訂其農藥、動物用醫藥品、飼料添加物的殘留容許量標準值，殘留數值超出標準的話，基本上就會禁止販售的制度。此制度中，將指定標準值的農藥等化學藥劑從原本的283項增加至約800項，而未列於項目中的化學物質，其殘留容許量標準值則一律設定為0.01ppm以下。然而就算如此，在現況中對於農藥殘留的問題，卻一點都沒減少。農藥殘留會對人體產生致癌性、基因毒性、致畸胎性（無法生出正常的孩童）等的問題影響。

蔬菜中的硝酸鹽問題──化學肥料使用過度造成殘留

過度使用化學肥料，以及大氧層中的氮氧化物增加等的原因，使得含有高濃度硝酸鹽的蔬菜（特別是葉菜類）變多了。硝酸鹽會隨著口中的唾液、常溫保存、加熱等動作轉變為亞硝酸鹽，進入體內之後，會再與二級胺類（多含魚貝類中的成分）產生反映，轉化為致癌性物質－亞硝胺，這就是硝酸鹽問題的所在之處。而有機栽培的蔬菜，硝酸鹽含量則較少。

抗菌性物質的問題──合成抗菌劑․抗生素的殘留

所謂的抗菌性物質是指合成抗菌劑與抗生素。牛․豬․雞，及魚類都被指出有被汙染的問題。

①殘留於牛․豬․雞的問題
將其作為添加物混入飼料、或直接注射等，會產生殘留在肉與內臟等處的問題。

②殘留於魚類的問題
由於密集養殖魚隻，為了預防且治療魚類的疾病，將其混入飼料中，導致殘留於魚隻體內的問題。

抗菌性物質對人體會產生健康上的損害，有導致過敏與使藥劑耐性菌繁殖的問題存在。

在日本，過去曾要求食品的抗菌性物質殘留值必須是零，但卻因來自外國的施壓，從1997年10月開始，制訂了包含荷爾蒙劑在內11項動物用醫藥品的殘留容許量標準值。因此，食安的問題可說是更加嚴重了。在2007年，從中國產的浦燒鰻魚檢驗出超過殘留容許量的抗菌性物質，引起一大食安問題。

女性荷爾蒙的問題──荷爾蒙的殘留

養畜業者為了讓公牛的肉與母牛的吃起來一樣柔軟，便在公牛耳根處的皮下埋入女性荷爾蒙劑。而荷爾蒙劑則有殘留於肉中的問題。
女性一旦攝取過多的女性荷爾蒙，致癌率便會提高，女童攝取過多的話，則會促使第二性徵（乳房變大、月經來潮等）產生，恐怕會有性早熟的可能。

BSE（牛海綿狀腦病）的問題──從患病牛隻感染

2001年9月10日在日本發現了疑似感染BSE（牛海綿狀腦病，也就是所謂的狂牛病）的乳牛，並於9月21日判定為BSE。
1986年首次於英國發現BSE，之後此病症便擴大至歐洲，是一謎樣的疾病，在牛隻體內有名為普恩蛋白的蛋白質，由於不知名的原因產生異常的變形時，就會引發BSE。
牛隻罹患BSE的主因雖說一般認為是參雜在飼料中的肉骨粉，但也還無法明確斷定。BSE的問題點在食用了患病牛隻時，人類受到此病感染的可能性很高。最危險的部位是腦、脊髓、眼、迴腸（小腸的最後一段）。
但是，就算是患病牛隻，在日本一般常吃的牛肉或乳製品，也鮮少有感染的風險。從2001年10月18日開始，日本也都有實施全面性的BSE檢查，雖說不用太過神經質，但很遺憾地，就算是日本，已有報告指出截至2009年1月期間，有36頭牛隻感染了BSE。不過，在2003年以後出生的牛隻，至今也還沒有確認是否有感染BSE。
還有，2003年12月在美國初次發現了感染BSE的牛隻，雖然一度被日本禁止進口美國牛肉，但在2005年12月又再度開放進口。然而，在翌月卻發現其中混入了特定的危險部位，因此又再次禁止進口。之後，在2006年7月才又再次開放進口至今。