人口數量的隨之增長。在狩獵和捕撈之外，人們當然還採集野生植物的果實和根莖食用，在中後期，從長期的採集過程中，還學會了某些植物的栽培。人們學會了用火，又有了陶罐，告別了茹毛飲血的蒙昧時代，烹飪方式為燒烤和煮食物，也許還用發酵的植物果實釀造了酒。不過那時人們還不懂編織技術，可能以動物毛皮或樹皮為衣，以石製品和貝類骨角製作飾品。
食物來源相對穩定後，人們可以長期定居一地，建造居所。他們往往以母系為單位形成胞族部落聚居在一起，以豎穴為居。所謂「豎穴」，即是在地面挖下幾十公分做成土屋地面，上面搭上屋頂，屋子中間都設有火盆。這種住處冬暖夏涼，據說可能是當時最為理想的住所。
然而，雖然食物的獲得有所增加，人們也極力用各種方式收集食物，還有了初步的農業雛形，但生產力仍然處於最初的低下狀態，食物的獲得還是非常有限，生活仍不夠穩定。根據考古學家測定，那時的人們個頭矮小，平均壽命很少超過四十歲。死後一般採用屈葬的方式，有也少量伸肢葬，中期以後出現甕棺葬，甕棺一般葬幼兒和骨化的成年人。這個時期的墓葬比較簡單，沒有特殊設施，隨葬品多為日常佩戴的貝殼、骨類裝飾品，迄今沒有發現厚葬的特殊墓葬。這也說明了當時人們過著基本平等的原始氏族部落生活。
關於遠古時代，這片列島上的居民生活大抵如此了。
據以上描述，可以粗略了解到繩文時代的雙面性：既有發展中的前進態勢，又有相對於當時中國先進文明的滯後狀態。
繩文時代的日本距離形成一個民族仍很遠，接下來的彌生時代將對日本國的形成有較多的貢獻。
西元前五五○○年到前二○○年，從列島南端長崎縣的福井洞穴、泉福寺洞穴到本州東北的岩井堂洞穴，均反映出當時日本列島居民已經處於母系氏族公社階段，居民多擇沿海地帶山岩洞穴或豎穴而居，以採集和漁獵作為主要的生產活動維繫氏族生活。三內丸山遺蹟是目前日本所發現規模最大的繩文村落古蹟，大量出土的陶器和陶俑因表面有近似草繩花紋的圖案，故稱為繩文時代。
繩文式陶器延續數千年，直至彌生式陶器出現的西元前三世紀。目前，考古學界將繩文時代劃分為前期、中期、後期和晚期四個階段。從遍及全國各地的繩文式陶器來看，前期多為尖底缽，中期以後趨向平底深缽，後期和晚期造型富於變化，出現了甕型皿、圓筒形皿以及土瓶、土碗等用品。陶器色彩多為深褐色或紅褐色，表面圖案基調為繩文式花紋。此外，繩文晚期，日本東北地方還出現了黑陶器，陶胎薄而輕，表面經過研磨呈黑色，造型挺秀俊美，體現出早、中、晚不同時期的審美觀。對土陶器的用途分析使我們得知，繩文時代的土陶器除作為飲食器具和貯藏事物的器具之外，還使用於宗教祭祀和喪葬等儀式。
日本人的由來
關於日本人的民族來源學術界眾說紛紜，尚無確切定論。其中「源於中國」的說法在中國比較盛行，大概是因為徐福東渡的故事，又大概因中國人「大中國」而「小日本」的優越意識，以及中國與日本隔海相望的特殊近鄰地理位置，許多人對這個說法都深信不疑。
隨著繩文時代經由考古學家進入人們視線後，日本民族的起源問題，出現了與「源於中國說」不同的可能，日本民族起源的爭論也變得更加撲朔迷離。那麼，生活在那個遠古年代裡的古人類到底是什麼人呢？他們又來自哪裡呢？
為了尋求答案，讓我們回到兩百多萬年之前的這方土地，回到更新世（亦稱洪積世）時期的「日本列島」。
兩百多萬年之前，日本列島還不叫島，與早期的英國列島一樣，它尚與大陸板塊毗連，是亞洲東北部沿海的邊地。直到距今約一萬年前，由於地球氣候變暖，極地冰川融化引起海平面上升，水淹沒了與之相連的大陸板塊，漸漸將這片土地與亞洲大陸剝離開來。因為它地處環太平洋地帶，地質結構極不穩定，大地震和火山活動頻繁，經過歷次劇烈的地殼運動，這方土地就逐漸形成了如今我們所見形似彎彎月牙的一長串列島。
在這方土地未與亞洲大陸分離之前，整個陸地自成一體，逐水草而居的亞洲遠古人類從各地絡繹遷徙而來。一些可能是中國北京猿人的後裔、另一些是亞洲大陸其他地區的古猿人，他們追逐獵物而至，駐足於此。後來歷經滄海桑田，陸地與陸地分離，亞洲大陸成了隔洋相望無法抵達的故鄉，他們只好在這座四周環海、遠離大陸的孤島上繁衍生息。
日本學者樋口清之進一步解釋了日本人的來源：「日本人是在日本產生的，其要素是以和中國華南的洪積期化石人有關係的日本化石人為核心，漸次加入東南亞的馬來人和印尼人、中國北方的通古斯人和日本列島上最早的土著－－阿伊努人，最後產生出尚未完全統一的現代日本人。」
按樋口清之的說法，最早來到這片列島上的人是土著阿伊努人，古文獻裡稱之為「蝦夷」的民族。他們大約是六、七千年以前從東南亞遷居到日本的。不過也有學者認為阿伊努人是阿拉伯移民。從外貌上來看，阿伊努人與典型的日本人大為不同，他們身材比日本人稍矮，膚色淡褐、體毛發達、眉骨突出、眼窩深陷，風俗和信仰與大和民族也大不相同。也有人認為他們屬於蒙古人種和歐羅巴人種的混合類型。
正是由於阿伊努人是繩文時代日本列島的原住民這一發現，才出現了與「源於中國說」不同的可能，有一部分學者據此認為現代日本人是由生活在繩文時代的人在時代變遷中改變了體質結構、生活習慣等演變而來的，這一學說稱之為「演變說」。它既不同於外來人種對阿伊努人的更替說，也不同於學者樋口清之的混血說，它更重視人種的繼承性，此學說至今對學界仍有影響。
「演變說」的學者可能是基於對日本列島與大陸隔絕後，繩文時代人與大陸來往甚少的緣故，但據考古發現，自繩文時代晚期開始，又有亞洲大陸移民進入日本。到彌生時代，大陸移民急劇增加，其遺骨在體質結構上與繩文人明顯不同，身材比繩文人高、臉型也相對較長，更接近於現代日本人。許多學者以體質結構的相似性認為這些大陸移民，來自朝鮮半島和中國東北、蒙古、西伯利亞等東北亞地區。
除此之外，在阿伊努人居住的繩文時代之前，也就是十萬年乃至二十萬年以前（即舊石器時代早期或中期），一些石器遺物便顯示有人群在日本列島生息。但是由於尚無這一時期人類骨化石的發現，因而無從了解其體質特徵。
近年來關於阿伊努人有別於現代日本人的原因，持「混血說」的學者認為，彌生時代的大陸移民主要分布在近畿和關東地區，而地處偏遠的北海道、西北九州則較少或幾乎未受移民混血的影響，仍以繩文人的子孫為主要居民，因而生活於北海道的阿伊努人被認為是未受混血影響的繩文人的直系子孫。於是在彌生時代，形成了日本人的二重構造，即移民系統的彌生人（主要分布於西日本）和本土系統的繩文人（主要分布於東日本）。
從各時代日本人的體質結構來看，屬於蒙古人種是毫無疑問的。
然而「中國起源說」也並非空穴來風。繩文時代恰逢中國處於群雄割據的戰國時代（西元前四○三年到前二二一年），社會動盪不安，很多人為了避難遷徙到這個東亞盡頭火山密布的島嶼。除此之外，古代中國人從亞洲大陸向日本島的遷徙有許多次，其中徐福東渡日本是最著名的一次。
另外據《山海經》表明，在這之前，帝禹時代就曾考察過日本列島，黃帝時代曾接近或抵達日本島，炎帝時代的女媧部落曾遷徙、避難到日本列島。據說他們是構成日本大和民族的基因來源主體，女媧則成為日本天皇家族尊崇的太陽女神天照大神的原型，而這個說法的可信度是值得懷疑的。
另一個更不靠譜的起源學說是「韓國起源說」。韓國相關機構更願意承認日本人是韓國人的後代，或者乾脆認為日本這個國家也是高麗人創立的。這一學說大概基於亞洲各地區古人類經由朝鮮半島進入日本列島，以及不同時期朝鮮半島一些居民移居日本的事實，更主要的是他們在人種上均屬於蒙古人種。但事實上，鑑於朝鮮半島與中國歷朝歷代在政權上的「親緣」關係，與其說是「韓國起源說」不如說是對「中國起源說」某種程度的肯定。
除了從相關時期的人骨基因結構上追溯日本民族的起源外，有的學者試圖從日語的來源尋找日本民族的起源。學者們注意到日語與包括韓語在內的阿爾泰語系在語法結構上有許多相似之處。由此推斷日本人可能與生活在東北亞的阿爾泰語系諸民族在血緣上有某種關聯。但他們也同時注意到，日語與阿爾泰語系之間在讀音上有一些不同點。這些不同之處恰與南島語系（東南亞一帶以及中國南方非漢族的少數民族）之間有著某種親緣關係。因而阿爾泰語系不是日語的唯一來源，日語同樣具有「二重性」，再一次證明了日本民族並非單一民族而是混合民族。
時光如梭，上萬年過去了，漫長而艱難的遠古歲月中，那些來自五湖四海的遠古人類在這座列島上沉澱下來繁衍生息，子子而孫孫，歲月漸漸模糊了他們的來處。我們試圖依著一些混亂的證據把他們的脈絡梳理得清晰一些，然而若較真，這便是線索之間的迷宮。
而今大多數學者因著對體質結構和語言來源的追尋結果，認同日本列島的先民並非土生土長，而是由不同來源的人混合而成的，從各種史料和近代考古研究來看，這似乎也是最合理的說法。
我們將現有清晰的事實暫且做個簡單的歸結，日本民族的先民主要由兩部分組成：亞洲大陸北方人口集團和南方人口集團，這些移民在日本列島上相互通婚而形成「混合民族」，最後成為一統的大和民族。從這點上來說，古代日本與美國一樣是一個移民國家，來自中國、朝鮮還有南方的印尼等島國的移民與原住民相融合，逐步形成了真正意義的日本民族。不管是「中國起源說」還是「韓國起源說」，這些不同地域的先民不過只是這移民大軍中的一員而已。
日本人的起源問題如此複雜的原因恐怕在於，不同國家的學者出於各種原因對物證的取捨不同，因而得出結構迥異的起源學說。又加上日本的古代史本就是一本糊塗帳，一半是無稽的神話－－《古事記》，另一半是捏造的偽史－－《日本書紀》，想要在失真的史實和紛紜的傳說中追尋真相，對日本人的由來溯本求源，這本身就是一件非常困難的事情。
