大明王朝與邊境軍閥
在「華人入外夷」的狀況下，中國邊境逐漸形成自發性成長的「權力」。十六世紀中葉，福建泉州的鄉紳林希元被指控為暗地積極支持倭寇活動的重要人物而受到彈劾。彈劾文這麼說道：「以此樹威，門揭林府二字。或擅受民詞，私行拷訊，或擅出告示，侵奪有司。……招亡納叛，廣布爪牙，武斷鄉曲，把持官府」（朱紈《甓餘雜集》卷二）。重田德在討論「鄉紳支配的成立」的論文中引用了這段文字，聚焦在林希元「私擬官府自稱『林府』，行使裁判權與刑罰權，或貼出告示，或以其實力為背景招募亡命叛徒並培養其為私人武力，武斷鄉曲而凌駕於官府，宛如形成獨立王國， 不受干預。」。重田德將這種「事實上的（de facto）統治」在日後逐步體制化並成為專制國家基礎的狀況，理解為「未能成功轉型為領主的封建支配者，在集權制度的保護傘下，將事實上的支配關係發揮到極致。」所形成的「鄉紳支配的成立」。但如果我們暫且撇開重田德欲闡明中國封建制度的成立與其特質的問題探討，轉而以更加寬廣的共時性脈絡來檢視林希元的案例，就會發現這種「宛如獨立王國」的「事實上的統治」，在十六世紀中葉以降受貿易熱潮影響的東亞與東南亞沿海地區正如雨後春筍般湧現。
關於同為十六世紀中葉廣東的海賊，林大春曾寫下：「無一而非海寇之人也；舟楫往來，皆經給票（私設的通行證），商旅貨物，盡為抽分（徵收定率稅）……奪人之糧，剽吏之金，輒賑給貧民，貧民莫不樂而爭赴之……又集四方亡命稍習文藝者為參軍（參謀），彼（海寇首領）深居大艦，儼然王侯，列羽衛（儀仗兵），出入城郭。」的描述（乾隆《潮州府志》卷三八）。這段敘述也是對於沿海地區「權力」自發性成長的慣用筆法描述。
而說起在北方建立「宛如獨立王國」勢力的代表人物，則當屬統治遼東（現中國東北地方遼河周邊地區）近三十年的軍閥李成梁。李成梁的祖先據傳是朝鮮人或女真人，其家族世襲遼東鐵嶺衛的武官。李成梁因為屢立戰功，一五七〇年被任命為遼東總兵官，統帥遼東軍務。若從財政基礎方面來看，他侵吞每年數十萬兩遼東軍費的近半數款項，還藉由操控馬市上的馬匹價格、侵占鹽稅及商稅等手段中飽私囊，被評為「全遼商民之利，盡籠入己」（《明史》卷二三八，〈李成梁傳〉）。其武力基礎與其說是來自於部署遼東的明朝官兵，不如說是主要建立在堪稱其私兵的「家丁」軍。所謂「家丁」係指從民間招募或從招降的非漢族人中挑選出來，直屬將軍的士兵，也被稱為「健兒」，與其主將之間存在著一種情同父子關係的強烈身分依附連結。李成梁的家族或家李成梁的長子。李成梁統治遼東的「正當性」，無疑來自於明朝任命的武官職位，然而其深深扎根當地，透過在地血緣與準血緣關係支撐起來的勢力，早已成為連中央政府也難以橫加干涉的強大存在。
投入遼東的龐大軍費，也促進此處的戰爭特需景氣。該地區當時最大宗的商品為藥用人參與貂皮等動物毛皮。藥用人參產自長白山附近的山岳地帶，女真人會在夏季的兩、三個月裡成群結隊入山，防備野獸襲擊的同時採摘珍貴的人參。貂皮產地為黑龍江以北的森林與叢林地帶，女真人掌握了該處至遼東的漫長貿易路線。正如本卷菊池俊彥論文所述，毛皮在當時迅速成長為東北亞的熱門國際商品。一五八八年統一建州部的努爾哈赤，便是掌握該類特產品貿易而得利的首領之一。李成梁不僅賦予努爾哈赤明朝武官的地位、援助其統一女真的軍事行動，同時也從努爾哈赤掌握的特產品貿易之中賺取利益。此一時期女真的經濟在農業之外雖也深度依賴狩獵採集，只是狩獵採集的主要目的並不是為了自給自足經濟，而是藉以獲得能用來進行國際貿易的特產品。當時的女真人不僅維持作為狩獵採集民族的部族團結、忍受惡劣生活條件的能力，也鍛鍊作為「商業資本家」的才幹。
李成梁在一六〇八年失勢，努爾哈赤雖因而失去後盾，卻也在此後約十年間確立努爾哈赤政權不再依附大明王朝權威的新一套正當性理論。以源於文殊菩薩信仰的「滿洲」一詞作為民族的自稱，整備出八旗與滿洲文字等獨特的制度，並在一六一六年奉「Genggiyen Han」（英明汗）為名， 建立金國（後金）這一國家。一六一八年開始與明朝對決的努爾哈赤壓制著遼東，成為明朝北方最大的威脅。
努爾哈赤死後，皇太極繼任為汗，削弱有力氏族領袖勢力以追求權力集中的同時，還仿效明朝制度整備中央官制。上述變化的背景主要在於此時期後金國家，逐漸由只有滿洲人的國家轉換為多民族國家。除了原先統治的漢人農民之外，還有與明朝打仗過程中相繼投降的漢人軍人與官僚。割據朝鮮國境附近皮島的明朝軍閥毛文龍麾下的部將，以及毛文龍被殺後投降後金的孔有德、尚可喜、耿仲明等人皆屬其例。皇太極並未解散他們的軍團併入八旗，而是保留其軍團編制，作為自己的直屬軍隊。這些人的歸降為原先在火器方面處於劣勢的後金，帶來西洋式火器的武力。
另一方面，皇太極趁著察哈爾的林丹汗過世之機，將內蒙古納入勢力範圍，並從投降的林丹汗之子手中得到（據稱）象徵蒙古大汗地位的元朝玉璽。一六三六年，皇太極新立國號為「大清」， 在即位儀式中接受來自滿州、蒙古與漢人的即位上奏文即位稱帝。一如本卷石橋崇雄論文所述， 清朝早在一六四四年進入中國關內（即所謂的入關）之前，便已奠定下作為一個「多民族國家」的基礎。
另一方面，承襲十六世紀海寇集團派系的海上軍閥，亦在一六三〇年代將東南沿岸一帶納入勢力範圍之中。十六世紀後半至十七世紀前半，在東亞海上貿易帶來最大利益的是日本白銀與中國生絲之間的日中貿易。但自從倭寇出現以來，明政府對日本的侵略性抱持高度警戒，即使是在一五六七年放寬海禁之際，也依然禁止中國商人前往日本，或日本商人前來中國進行直接貿易。葡萄牙人便是趁隙在其中獲得巨大利益。最早在一五一〇年代來到中國沿海，並在沿海走私貿易據點與中國商人進行貿易的葡萄牙商人，在一五五七年獲得明朝官府的許可得以居住澳門。葡萄牙商人自此獲得在中國沿岸的安定據點，正式投入日中貿易，在澳門與長崎的貿易之中獲得巨大利益。
然而，到了十六世紀末，隨著日本政府開始鎮壓基督教（最初的禁教令發布於一五八七年），以及新興勢力荷蘭和日本朱印船的活動範圍擴大，葡萄牙逐漸失去貿易優勢地位。順著東亞貿易的重整，臺灣開始作為日本白銀與中國生絲的會合貿易據點受到關注。臺灣原本居住著如今被稱為「原住民」的先住民族，但他們與中國之間沒有太大關係。荷蘭率先於一六二四年在臺灣南部的大員興築熱蘭遮城，並於一六二六年占領臺灣北部的雞籠。
荷蘭在中國本土未有據點，故而必須與有力的中國商人進行貿易結盟，確保中國貨物供給無虞。當時中國東南沿岸頻頻出現甘冒風險的海商集團爭鬥，於此之中脫穎而出的人物正是鄭芝龍。他年輕時曾經住在平戶，在一六二四年與日本女性田川松生下的孩子，便是日後最大一股反清勢力的率領者鄭成功。鄭芝龍後來也曾在大員的荷蘭商館擔任通譯，與日本和荷蘭雙方皆關係深厚。鄭芝龍在與同為競爭對手的李魁奇、鍾斌、劉香之間的海戰中不斷擴張勢力，最終成為領有一千艘船隻的船隊，控制中國東南沿海一帶。
明政府在一六二八年招撫鄭芝龍，任命其為廈門提督。荷蘭也與鄭芝龍交好，以圖入手中國商品。一六三〇年代中期，鄭芝龍對沿岸的統治已然相當安定，不僅自身船隊從事貿易，也向其他貿易商人課稅並提供保護，使得中國商品順利流入臺灣。與鄭芝龍交好的荷蘭取代葡萄牙，掌握日中貿易中的關鍵地位。德川幕府之所以能在一六三九年斷然禁止葡萄牙船隻來航，便是因為當時已然可以透過荷蘭船隻穩定輸入中國物產之故。
明滅亡後，鄭氏勢力雖以臺灣為據點與清朝展開對抗，但其實清朝與鄭氏兩個勢力之間，都存在著皆是在十六世紀至十七世紀初東亞貿易熱潮中成長起來的相似特徵。若依照本節開頭所列各點來做整理，約可歸納如下：（一）兩者皆以邊境的長距離商業利益作為財政基礎，在角逐利益的過程中建立其事實統治；（二）其具有高度凝聚力與機動性的軍事力量，表面上是明朝朝廷軍事組織的一部分，實際上全仰賴將兵對首領懷抱的個人忠誠之心維繫；（三）與其說首領的領導地位源於制度，不如說是來自於屢次在抗爭中取得頭籌的現實主義判斷力與實質指導能力；（四）這些在多文化環境中活動的集團，不僅在其政權內部與統治範圍內容納多樣族群，必要時也會與其他民族進行機會主義式的合作，培養出相對開放的戰略性視野。
雙方存在上述共通性，差異就在於（五）清朝在占領中國前即自稱滿、蒙、漢的汗或皇帝，以自身的正當性支撐其政權；相對地，在清朝占領中國後與之對抗的鄭氏，則是基於明朝的權威主張其正當性。因而乍看之下，十七世紀清朝與鄭氏的對抗可以視為「大明」王朝與「大清」王朝之間的對決。然而，這只是雙方採取的正當化理論有所不同。就實質意義上來說，兩者便是猶如雙胞胎般，誕生於明代中國北方與南方邊境的商業暨軍事集團。