在大戰中意外死而復生的上条當麻，看似重回平穩的日常生活，然而另一股全新黑暗勢力，卻又開始蠢蠢欲動。這個自稱「搗蛋鬼」的組織計畫再次於世界引發動亂，上条當麻、御坂美琴、一方通行、濱面仕上以及魔法結社「黎明晨光」的首腦蕾薇妮雅．柏德蔚等人……他們即將進入全新的戰場。《魔法禁書目錄》系列邁入新章故事，上条他們將面臨截然不同的黑暗勢力，當科學與魔法再次交會之際，故事即將展開！