《諾貝爾少年》站在故事主人翁少年的角度，以「我」的第一人稱帶領讀者進入故事。話說少年的母親以人工受孕方式生下了少年，她告訴少年他可是擁有諾貝爾得獎人的基因，然而男孩在學業上表現平平，為此母親總是感到失望，所以少年也對自己的大腦產生了疑惑。

少年對於從未見面的諾貝爾父親開始感到好奇，另一方面住在街尾的羅斯先生希望少年可以在他出差的期間幫忙他餵魚、清信箱、除草。自從卓拉姆向他們承租車庫住下後，母親似乎更加減少外出的機會，母親沒有工作但基本的支出似乎不成問題，因為每個月還可以收到一筆不知道從何而來的款項。

少年意外發現世界上根本沒有諾貝爾精子銀行，他不明白媽媽為什麼要對他撒這種謊，但他知道諾貝爾父親的存在，對於母親是一種希望、是夢想、是理想，不是個謊言。因為改造家裡，他也發現原來媽媽非常擅長繪畫。

從少年的敘述中，不難發現母親因為情緒的關係常處於一種喜怒無常的狀態中，加上多次服藥過量被送進醫院，對於少年童年的成長也埋下了陰影，少年自然也變得早熟懂事。少年很害怕自己被社工帶離母親身邊，一開始卓拉姆還願意幫助少年，但或許卓拉姆也有難言之隱，之後當少年母親又因相同原因被送進醫院時，他斷然拒絕少年的請求，並覺得少年理應接受社工的幫忙。

因為母親此次服藥過量被送進醫院後，一直處於昏迷不醒的狀況，因為卓拉姆不再幫助少年，他只好救助於鄰居羅斯先生，希望他可以幫助自己不要讓他被社工帶離母親身邊。社工告訴少年有通知母親的親屬，也就是他的外公、外婆前來。少年有記憶以來，母親就告訴他外公、外婆已經過世了，所以對於突然冒出的祖父母著實讓少年驚訝不已，但他一見到外婆馬上就認得她，因為媽媽和外婆的神韻是如此的相似。

外婆告訴少年外公中風了，但外公之前是個知名的藝術家，家中牆上的畫作幾乎都是出自他的創作，他想到媽媽和自己的藝術基因一定是遺傳到外公。此外外婆他們也會將少年母親接回到離家比較近的醫院才讓少年安心，少年猜想外公、外婆應該會知道他的父親是誰。

《諾貝爾少年》的故事劇情，作者一層一層的悄悄鋪層，在故事後半，前後情節相互呼應，末尾對於故事情節的發展，少年找尋到父親的真實身份，但對於少年母親而言，或許她寧可少年一直活在虛構的諾貝爾父親的世界中。因為真相有時比謊言更加殘酷。