15世紀，在P王國中，C教教會的地位達到鼎盛，神學被認為是學問的頂點，各學問以教會公認的事實為原則。生在這世代的主角深知世界的法則，在社會上被視為成功的人物，因他熟知，生存是只做合理的決定。在時間的進行中，主角確實的感受到教會對知識的控制，在與異端者偶然的相遇中，C教認定的天動說在「合理」的證明中被打破，啟發這份原本只在意生存的「知性」。這份知性帶著主角遠離生存的方向，最後教會審判中身赴東市。
故事打從一開始就揭露了這本書的核心—知性。在呈現處刑、教育和研究裡，作者無聲的刻畫教會對社會的壓力，描繪世人的虛偽與諂媚，讓接續登場的異端者顯得如此誠懇。異端者赫伯特在與主角的交談中推出這本書的另外兩個概念，「美」與「真理」。主角的原知性在否定宇宙的秩序性後，認定宇宙為不美，卻在重新審視這「真理」後，美與真理得以兼具，而地動說在此戲劇性的糾纏中站上舞台。主角自己也感知到自己漸漸的脫離「合理」，為追求美麗的真相，為他與赫伯特共同的目標—「轉動地球」—負上生命的代價。在接連極為諷刺的行為，如在改過自新的宣誓中宣示自己相信地動說，或在火刑前的獄中自殺，故事逐漸進入尾聲。在主角與審問官的對話中，知性的主題再次浮出。「你們的對手不是我，不是異端者—而是某種想像力、某種好奇心、是脫離常軌、位於外部的他者⋯⋯總之就是知性。」
赫伯特相信上帝，但認為現世的真理，與純淨、美麗的天國並不相符。對他來說否定教會的認知，帶來才的是真理、美，此知性不從世間事物而來，而是來自最接近上帝心意的大自然，來自人的本質。有時事物在世世代代的盲從下，形成了常識，但我們的本質會帶著我們，持懷疑的心接觸事物，如同主角，相信自己的直覺，成為獨立思考的個體。