《哈利波特：神秘的魔法石》是關於一個出身在普通家庭但他的生活卻一點也不平凡的小男孩的故事。他是一位來自魔法世界的少年，在他年幼的時候他的父母被一位當時最強大的黑魔法王，佛地魔給殺害了但是他奇蹟似的活了下來也把佛地魔給殺掉了。可是他卻不知道這些事。
　　直到他十一歲的生日當天有一位自稱是霍格華滋的管理員海格來帶著他去他應該待的地方，魔法的世界。當他到了之後幾乎所有的人都要上前去跟他握手， 當時他才明白原來自己是這麼的有名。而他們接下來就去了世界最不怕被偷的銀行，古靈閣，而海格也去取了一個包裹。但是他的包裹是一個小小的一個用破羊皮紙袋裝的一個小東西，但他卻不肯說裡面到底是什麼。等他到了學校，他遇到了他以後在學校的朋友榮恩跟妙麗。妙麗是一個人類家庭出生的，但他卻是整個年級最聰明的學生，而榮恩是從一個古老的魔法家庭出生的而他是他們家的第六個小孩。他們某一天在報紙上看到古靈閣被搶了而被搶的正是海格去領的東西。
　　之後他們就一直調查那個包裹裡面裝的到底是什麼，結果發現裡面裝的是一種叫做魔法石的石頭。它可以把任何金屬變成黃金，也可以讓人長生不死。所以才會有這麼多人去搶著要。而他們懷疑是魔藥科老師石內卜做的好事，因為他常常在那附近徘徊。所以他們就決定闖進去阻止他拿到魔法石。他們趁半夜跑下床去阻止他。但要拿到石頭沒那麼簡單，前面有重重關卡，但他們用機智和勇氣進去。但在進去的同時榮恩和妙麗也為了讓哈利進去也犧牲了自己。但等他進去後看到的不是石內卜而是另一個老師，而且他的後腦勺有一張臉而那張臉是佛地魔的臉，但是他非常懼怕哈利碰到他所以哈利使勁的摸他。最後昏倒了而魔法石也被毀了但是那位鍊金術師卻沒有關係因為他已經準備好要死了。